Конечно нельзя однозначно сказать что лучше или хуже, это как вечная борьба Win VS Nix. Однако можно сравнить эти 2 системы управления, лидирующие каждая в своем сегменте - Joomla в сегменте бесплатных CMS, а Bitrix в сегменте платных.